Zabieg ten zaleca się stosować w przypadku rozmaitych schorzeń takich jak martwica miazgi zęba, złamanie lub skruszenie zębów oraz postępująca próchnica, która powoduje powstawanie głębokich ubytków.

Bardzo często endodoncja jest też stosowana przed wykonaniem niektórych prac protetycznych.

Sam zabieg endododontyczny inaczej zwany leczeniem kanałowym wykonujemy w izolacji leczonego zęba koferdamem i w powiększeniu mikroskopu, przy użyciu ręcznych i maszynowych specjalnych, precyzyjnych narzędzi piłująco-penetrujących o stosunkowo cienkiej konstrukcji. Po opracowaniu i dokładnym zdezynfekowaniu kanału zęba, jest on wypełniany biozgodnym materiałem na gorąco, tzw. płynną gutaperką.

Leczenie kanałowe stanowi skuteczną alternatywę dla ekstrakcji zęba, której w wielu przypadkach można po prostu uniknąć.